Flugskýli, sem oft er einfaldlega kallað flugskýli, er stór-þvers, ein-hæð bygging sem notuð er til að leggja og viðhalda flugvélum. Það er aðalbygging á flugvöllum eða viðhaldsstöðvum flugvéla. Skipulag og uppbygging flugskýla er mismunandi eftir rúmmáli og kröfum um viðhald flugvéla.
Hægt er að flokka flugskýli eftir virkni í bílastæðaskýli og viðhaldsskýli. Bílastæðaskýli hafa enga viðhaldsvirkni og eru eingöngu fyrir geymslu flugvéla, en viðhaldsskýli veita meiriháttar og millilang viðhaldsþjónustu. Einnig er hægt að flokka þau eftir viðhaldsferlum í máluð flugskýli og ó-máluð flugskýli. Máluð flugskýli hafa sérstakar kröfur varðandi byggingu byggingar, brunavarnir, loftræstingu, rafbúnað og rekstrarferla.
Nútímaviðhaldsskýlum í stórum stíl er oft líkt við „4S verslanir“ fyrir flugvélar, sem veita „eitt-stöðva“ viðhaldsþjónustu, þar á meðal áætlunarviðhald flugskrúa, viðgerðir á aukahlutum, málningu í fullri flugvél og umbreytingu-farþega í-fragtskip.