Flugskýli eru afar stórar byggingar og kröfur um brunaöryggi eru mjög miklar. Brunavarnir í flugskýlum nota venjulega kerfi eins og há-slökkvikerfi með froðu. Byggt á byggingarsvæði brunahólfa eru flugskýli flokkuð í flokk I (5001㎡-50000㎡), flokkur II (3001㎡-5000㎡) og flokkur III (minna en eða jafnt og 3000㎡). Bílastæði og viðhaldssvæði flugvéla verða að tilheyra öðrum brunahólfum frá aðliggjandi aukaframleiðslubyggingum (svo sem skrifstofubyggingum, viðhaldsverkstæðum og vöruhúsum flugvélahluta).
Þegar loftför eru geymd í flugskýlum verða þau að liggja við festar samkvæmt viðhaldshandbók loftfars og nauðsynleg vernd þarf að vera fyrir mikilvæga hluti eins og hreyfla, lendingarbúnað og pitot rör til að koma í veg fyrir að aðskotahlutir komist inn eða skemmdir vegna veðurs.